Injil Yohanes adalah unik di antara keempat Injil. Injil ini mencatat banyak hal tentang pelayanan Yesus di daerah Yudea dan Yerusalem yang tidak ditulis oleh ketiga Injil yang lain, dan menyatakan dengan lebih sempurna rahasia tentang kepribadian Yesus. Penulis diidentifikasikan secara tidak langsung sebagai "murid yang dikasihi-Nya" (Yoh 13:23; Yoh 19:26; Yoh 20:2; Yoh 21:7,20). Kesaksian tradisi Kekristenan serta bukti yang terkandung dalam Injil ini sendiri menunjukkan bahwa penulisnya adalah Yohanes anak Zebedeus, salah satu di antara dua belas murid dan anggota kelompok inti Kristus (Petrus, Yohanes, dan Yakobus).

Menurut beberapa sumber kuno, Yohanes, rasul yang sudah lanjut usianya, sementara tinggal di Efesus, diminta oleh para penatua di Asia untuk menulis "Injil yang rohani" ini untuk menyangkal suatu ajaran sesat mengenai sifat, kepribadian dan keilahian Yesus yang dipimpin oleh seorang Yahudi berpengaruh bernama Cerinthus. Injil Yohanes tetap melayani gereja sebagai suatu pernyataan teologis yang sangat dalam tentang "kebenaran" yang menjelma di dalam diri Yesus Kristus.

1. Prolog tentang Logos
   (Yoh 1:1-18)
   
2. I. Memperkenalkan Kristus kepada Israel
   (Yoh 1:19-51)
   
1. A. Oleh Yohanes Pembaptis
   (Yoh 1:19-36)
   
2. B. Kepada Murid-Murid Pertama
   (Yoh 1:37-51)
   
3. II. Tanda-Tanda dan Ajaran-Ajaran Kristus kepada Israel dan Penolakan-Nya
   (Yoh 2:1-12:50)
   
1. A. Penyataan Kristus kepada Israel
   (Yoh 2:1-11:46)
   
1. 1. Tanda Pertama -- Air Menjadi Air Anggur
   (Yoh 2:1-11)
   Selang Waktu
   (Yoh 2:12)
   
2. 2. Kesaksian Mula-Mula kepada Orang Yahudi di Yerusalem
   (Yoh 2:13-25)
   Hari Raya di Yerusalem (Paskah)
   (Yoh 2:23-25)
   
3. 3. Ajaran Pertama: Kelahiran dan Kehidupan Baru
   (Yoh 3:1-21)
   Selang Waktu: Tentang Yohanes Pembaptis dan Yesus
   (Yoh 3:22-4:3)
   
4. 4. Ajaran Kedua: Air Kehidupan
   (Yoh 4:4-42)
   Selang Waktu di Galilea
   (Yoh 4:43-45)
   
5. 5. Tanda Kedua: Penyembuhan Anak Pegawai Istana
   (Yoh 4:46-54)
   Hari Raya di Yerusalem
   (Yoh 5:1)
   
6. 6. Tanda Ketiga: Penyembuhan Orang di Betesda pada Hari Sabat
   (Yoh 5:2-18)
   
7. 7. Ajaran Ketiga: Keilahian Kristus
   (Yoh 5:19-47)
   
8. 8. Tanda Keempat: Memberi Makan Lima Ribu Orang
   (Yoh 6:1-15)
   
9. 9. Tanda Kelima: Berjalan di Atas Air
   (Yoh 6:16-21)
   
10. 10. Ajaran Keempat: Roti Hidup
    (Yoh 6:22-59)
    
11. 11. Penyaringan Murid-Murid
    (Yoh 6:60-71)
    Selang Waktu
    (Yoh 7:1)
    
12. 12. Hari Raya di Yerusalem (Pondok Daun)
    (Yoh 7:2-36)
    
13. 13. Ajaran Kelima: Roh yang Memberi Hidup
    (Yoh 7:37-52)
    (Wanita yang Tertangkap dalam Perzinaan)
    (Yoh 7:53-8:11)
    
14. 14. Ajaran Keenam: Terang Dunia
    (Yoh 8:12-30)
    
15. 15. Perdebatan dengan Orang Yahudi
    (Yoh 8:31-59)
    
16. 16. Tanda Keenam: Penyembuhan Orang Buta Sejak Lahirnya
    (Yoh 9:1-41)
    
17. 17. Ajaran Ketujuh: Gembala yang Baik
    (Yoh 10:1-21)
    Hari Raya di Yerusalem (Penahbisan)
    (Yoh 10:22-42)
    
18. 18. Tanda Ketujuh: Kebangkitan Lazarus
    (Yoh 11:1-46)
    
2. B. Penolakan Kristus oleh Israel
   (Yoh 11:47-12:50)
   
4. III.Kristus dan Permulaan Umat Perjanjian Baru
   (Yoh 13:1-20:29)
   
1. A. Perjamuan Terakhir
   (Yoh 13:1-14:31)
   
1. 1. Mencuci Kaki Murid-Murid dan Lanjutan Percakapan
   (Yoh 13:1-38)
   
2. 2. Yesus, Jalan kepada Bapa
   (Yoh 14:1-31)
   
2. B. Ajaran Tentang Pokok Anggur yang Benar dan Manfaat Persekutuan
   dengan Kristus
   (Yoh 15:1-16:33)
   
3. C. Doa Penyerahan bagi Diri-Nya dan Umat Perjanjian Baru
   (Yoh 17:1-26)
   
4. D. Hamba yang Menderita
   (Yoh 18:1-19:42)
   
1. 1. Penangkapan
   (Yoh 18:1-12)
   
2. 2. Pengadilan Yahudi
   (Yoh 18:13-27)
   
3. 3. Pengadilan Romawi
   (Yoh 18:28-19:16)
   
4. 4. Penyaliban
   (Yoh 19:17-37)
   
5. 5. Penguburan
   (Yoh 19:38-42)
   
5. E. Tuhan yang Bangkit
   (Yoh 20:1-29)
   
5. Pernyataan Tentang Tujuan Penulis
   (Yoh 20:30-31)
   
6. Epilog
   (Yoh 21:1-25)
   

Yohanes menyatakan tujuannya untuk tulisannya dalam Yoh 20:31, yaitu "supaya kamu percaya bahwa Yesuslah Mesias, Anak Allah, dan supaya kamu oleh imanmu memperoleh hidup dalam nama-Nya." Naskah kuno Yunani dari Yohanes memakai satu dari dua bentuk waktu untuk kata Yunani yang diterjemahkan "percaya" (Yoh 20:31): yaitu _aorist subjunctive_ ("sehingga kamu dapat mulai mempercayai") dan _present subjunctive_ ("sehingga kamu dapat terus percaya"). Jikalau Yohanes bermaksud yang pertama, ia menulis untuk meyakinkan orang yang tidak percaya untuk percaya kepada Tuhan Yesus Kristus dan diselamatkan. Kalau yang kedua, Yohanes menulis untuk menguatkan dasar iman supaya orang percaya dapat terus percaya kendatipun ada ajaran palsu, dan dengan demikian masuk dalam persekutuan penuh dengan Bapa dan Anak (bd. Yoh 17:3). Walaupun kedua tujuan ini didukung dalam kitab Yohanes, isi dari Injil ini pada umumnya mendukung yang kedua sebagai tujuan utama.

1. Yesus dan Bapa.
Injil Yohanes penuh dengan hal-hal yang menyatakan bahwa Yesus adalah Anak Allah. Ia terlibat dalam penciptaan, Ia datang ke dalam dunia ini dan ketika Ia naik ke surga, Ia kembali kepada kemuliaan yang adalah hakNya. Gambarkanlah arti semua ini bagi Anda sendiri: Yoh 1:1-18; 3:13, 31, 35; 5:17-23, 26-27, 30; 6:38, 46, 57; 7:16-17, 29; 8:28-29, 38, 42; 10: 15, 29-30, 38; 11:41-42; 12:44-45, 49-50; 13:3, 31-32; 14:7-11, 20, 28, 31; 15:23-24; 16:15, 28, 32; 17:1-2, 4-5, 10-11, 21-23; 20:17.

2. Kematian Kristus bagi orang berdosa.
Lebih daripada yang diceritakan dalam Injil-injil lain, Yohanes memberitahukan kepada kita mengapa Yesus harus mati dan mengenai kasih yang mendorong-Nya untuk rela melakukan itu. Lihat Yoh 1:29, 36; 2:19-22; 3:14-17; 6:51, 53-56; 8:28; 10:11, 15, 18; 11:50-52; 12:24, 27, 32-34; 15:13.

3. Roh Kudus.
o Terdapat lebih banyak uraian mengenai Roh Kudus dalam Injil ini dibandingkan dengan Injil-injil lain. Roh Kudus digambarkan sebagai Pribadi yang akan menggantikan Yesus apabila Ia pergi kepada Bapa. Yoh 1:32-33; 3:5-6, 8, 34; 4:23-24; 6:63; 7:37-39, lihat Yoh 4:13-14; 14:16-17, 25-26; 15:26; 16:7-15; 20:22.

4. Kehidupan kekal.
Inilah yang digambarkan oleh Matius, Markus dan Lukas sebagai Kerajaan Allah. Kehidupan kekal ini dihubungkan dengan kelahiran baru atau kelahiran untuk yang kedua kalinya. Lihat Yoh 1:4, 12-13; 3:3-7, 16, 36; 4:14, 36; 5:21, 24-29; 6:27, 40, 47, 54, 57-58, 68; 10:28; 11:25; 12:25, 50; 17:2-3.

5. Jadwal Allah.
Yohanes memberikan kepada kita gambaran tentang Yesus yang mengendalikan segala sesuatu dari awal sampai akhir. Yesus tahu bahwa Ia sedang mengerjakan suatu rencana induk, oleh karenanya tidak ada sesuatu apa pun, bahkan tidak juga kematian-Nya yang mengejutkan Dia. Pelajarilah ayat-ayat berikut: Yoh 2:4; 7:6-8; 12:23; 13:1; 18:4.

Injil keempat ini menyajikan bukti-bukti yang terpilih dengan cermat bahwa Yesus adalah Mesias Israel dan Putra Allah yang menjelma dan bukan anak angkat. Bukti-bukti yang mendukung termasuk:

1. (1) tujuh tanda (Yoh 2:1-11; Yoh 4:46-54; Yoh 5:2-18; Yoh 6:1-15; Yoh 6:16-21; Yoh 9:1-41; Yoh 11:1-46) dan tujuh ajaran (Yoh 3:1-21; Yoh 4:4-42; Yoh 5:19-47; Yoh 6:22-59; Yoh 7:37-44; Yoh 8:12-30; Yoh 10:1-21) sebagai penyingkapan Yesus tentang identitas-Nya yang sebenarnya;
2. (2) tujuh pernyataan "Aku adalah" (Yoh 6:35; Yoh 8:12; Yoh 10:7; Yoh 10:11; Yoh 11:25; Yoh 14:6; Yoh 15:1). Dengan pernyataan ini Yesus menyatakan secara kiasan peranan-Nya dalam penebusan umat manusia.
3. (3) Kebangkitan tubuh-Nya dari antara orang mati sebagai tanda terakhir dan puncak pembuktian bahwa Dia memang "Kristus, Anak Allah" (Yoh 20:31).

Injil Yohanes mempunyai dua bagian besar.

1. (1) Pasal 1-12 (Yoh 1:1--12:50)yang menyajikan kisah penjelmaan dan pelayanan umum Yesus. Sekalipun tujuh tanda yang meyakinkan, tujuh ajaran yang berbobot, dan tujuh pernyataan "Aku adalah" yang menakjubkan, orang-orang Yahudi menolak Yesus sebagai Mesias mereka.
2. (2) Setelah ditolak oleh umat perjanjian yang lama yaitu Israel, Yesus (pasal 13-21; Yoh 13:1--21:25) memusatkan perhatian pada murid-murid-Nya sebagai inti dari umat perjanjian yang baru (yaitu: gereja yang didirikan oleh-Nya). Pasal-pasal ini mencantumkan perjamuan terakhir (pasal 13; Yoh 13:1-20), ajaran terakhir (pasal 14-16; Yoh 14:1--16:33), dan doa-Nya yang terakhir (pasal 17; Yoh 17:1-25) untuk murid-murid-Nya dan semua orang percaya. Kemudian perjanjian baru diresmikan dan ditegakkan oleh kematian (pasal 18-19; Yoh 18:1--19:42) dan kebangkitan-Nya (pasal 20-21; Yoh 20:1--21:25).

Delapan penekanan utama menandai Injil ini.

1. (1) Keilahian Yesus sebagai "Anak Allah" ditekankan. Dari prolog Yohanes dengan pernyataan yang luar biasa, "kita telah melihat kemuliaan-Nya" (Yoh 1:14) sampai akhirnya dengan pengakuan Tomas, "Ya Tuhanku dan Allahku" (Yoh 20:28), Yesus adalah Putra Allah yang menjadi manusia.
2. (2) Kata "percaya" yang dipakai sebanyak 98 kali adalah sama dengan menerima Kristus (Yoh 1:12) dan meliputi tanggapan hati (bukan saja mental) yang menghasilkan suatu komitmen dari seluruh kehidupan kepada Dia.
3. (3) "Hidup kekal" adalah konsep kunci dari Yohanes. Konsep ini bukan hanya menunjuk kepada suatu keberadaan tanpa akhir, tetapi lebih mengarah kepada perubahan mutu kehidupan yang datang melalui persatuan dengan Kristus. Hal ini mengakibatkan baik kebebasan dari perbudakan dosa dan setan-setan maupun pengenalan dan persekutuan yang makin bertumbuh dengan Allah.
4. (4) Pertemuan pribadi dengan Yesus diutamakan dalam Injil ini (tidak kurang dari 27).
5. (5) Pelayanan Roh Kudus memungkinkan orang percaya mengalami kehidupan dan kuasa Yesus secara terus-menerus setelah kematian dan kebangkitan Kristus.
6. (6) Injil ini menekankan "kebenaran" -- Yesus adalah kebenaran, Roh Kudus adalah Roh Kebenaran, dan Firman Allah adalah kebenaran. Kebenaran membebaskan orang (Yoh 8:32), menyucikan mereka (Yoh 15:3) serta berlawanan dengan kegiatan dan sifat Iblis (Yoh 8:44-47,51).
7. (7) Angka tujuh sangat menonjol: tujuh tanda, tujuh ajaran, dan tujuh pernyataan "Aku adalah" menegaskan siapa Yesus itu (bd. menonjolnya angka tujuh di dalam kitab Wahyu oleh penulis yang sama).
8. (8) Kata-kata dan konsep lainnya yang utama dari Yohanes adalah: "firman", "terang", "daging", "kasih", "kesaksian", "tahu", "kegelapan", dan "dunia".